SEKOLAH INI TELAH DITUBUHKAN PADA 6 JANUARI 1978.BANGUNAN
PERTAMANYA ADALAH MENUMPANG DI MASJID JAMEK TANJUNG SEDILI, KEMUDIANNYA
MENUMPANG DI SEKOLAH KEBANGSAAN DAN DI KENALI DENGAN NAMA SEKOLAH AGAMA SRI
SETIA JAYA.
PADA TAHUN 1979 SEKOLAH INI TELAH MEMILIKI BANGUNAN SENDIRI
DENGAN HANYA SATU BLOK SAHAJA DAN TELAH DITUKAR NAMANYA KEPADA SEKOLAH AGAMA
SRI MAHKOTA SEHINGGA KINI. GURU BESAR PERTAMANYA ADALAH ALLAHYARHAM HJ. ABDUL
HAMID BIN PANDAK. KINI SEKOLAH INI TELAH MEMILIKI BANGUNAN YANG TERDIRI
DARIPADA BLOK A DAN BLOK B.
PADA AWAL TERTUBUHNYA SEKOLAH INI BILANGAN MURIDNYA ADALAH SERAMAI 62
ORANG. TAHUN DEMI TAHUN BILANGAN MURIDNYA KIAN BERTAMBAH DAN KINI MELEBIHI 500
ORANG MURID.SERAMAI LEBIH 40 ORANG GURU YANG PERNAH BERKHIDMAT DI SEKOLAH INI .
DARI SEGI PEMBABITAN DALAM KOKURIKULUM PULA, SEKOLAH INI PERNAH MELAKAR SEJARAH
KERANA TELAH DAPAT MELAHIRKAN KEJAYAAN
SEHINGGA KE PERINGKAT NEGERI.
KINI SEKOLAH AGAMA SRI MAHKOTA TERUS BERTAMBAH MAJU DARI SEGI
PENTADBIRANNYA DI BAWAH PENTADBIRAN SEORANG GURU BESAR PEREMPUAN IAITU USTAZAH RAHIMAH BINTI TUKIMAN.